SMPIT Ibnu Abbas Klaten merupakan salah satu unit pendidikan yang bernaung di bawah Yayasan Ibnu Abbas Klaten dan berdiri sejak tahun pelajaran 2007/2008. Siswa SMPIT Ibnu Abbas Klaten juga merupakan santri di Pondok Pesantren Tahfidzul Quran (PPTQ) Ibnu Abbas Klaten pada jenjang SMP. Secara filosofi pendidikan menganut pola santri Pondok Pesantren yang bersekolah di jenjang pendidikan formal, baik jenjang SMP maupun SMA yang wajib tinggal di asrama pesantren.
SMPIT Ibnu Abbas Klaten berlamat di Jalan Raya Klaten – Solo Km 4, Desa Belangwetan, Kecamatan Klaten Utara, Kabupaten Klaten, Provinsi Jawa Tengah, yang merupakan Kampus 1 yang dikhususkan untuk para siswa/santri putri. Sedangkan untuk kompleks putra berlamat di Kampus 2 di Dukuh Troso, Desa Barepan, Kecamatan Karanganom, Kabupaten Klaten, Jawa Tengah.
PPTQ Ibnu Abbas Klaten berdiri atas prakarsa Dr. K.H. Muhammad Mu’innudinillah Basri, Lc. MA., dr. Samad, SpA., dan Ustadz Nurwahid, serta beberapa pemrakarsa yang lain. Atas izin Allah pada tanggal 22 Juli 2003 berdirilah Yayasan Ibnu Abbas Klaten yang bergerak di bidang sosial dan pendidikan. Pada tahun pertama Yayasan Ibnu Abbas mendirikan masjid 2 lantai sebagai pusat kegiatan.
Kepengurusan yang semakin solid dan tuntutan dakwah yang semakin berkembang, mendorong pengurus yayasan merancang program pendidikan formal. Dimulai dengan mengadakan seminar nasional yang bertema pendidikan, pengajian akbar, serta beberapa kegiatan yang lain, maka atas izin Allah dan dukungan segenap jajaran tokoh pemerintah dan masyarakat Klaten, pada tanggal 18 Juni 2007 berdirilah SMPIT Ibnu Abbas Boarding School Plus. Plus yang dimaksudkan adalah program wajib Tahfidzul Qur’an bagi seluruh siswa.
Pada tahun ajaran 2007/2008, SMPIT Ibnu Abbas Boarding School Plus masing menerapkan sistem ganda yaitu full day school dan sistem boarding (siswa tinggal di asrama). Berdasarkan evaluasi efektivitas dan hasil pembelajaran selama satu tahun dan keinginan yang kuat dari para pengurus yayasan, maka mulai tahun pelajaran 2008/2009 diputuskan hanya menggunakan satu sistem yaitu sistem pondok pesantren. Semua siswa tanpa kecuali wajib tinggal di asrama. Mulai tahun inilah kerangka pendidikan sistem Pondok Pesantren Tahfidzul Qur’an (PPTQ) Ibnu Abbas mulai dimantapkan dengan program unggulan Tahfidzul Qur’an dengan tanpa mengabaikan program pendidikan formal SMPIT yang telah ada. Bahkan dalam proses kegiatan belajar-mengajar, semua program dirancang secara terpadu untuk mencapai tujuan-tujuan yang telah ditetapkan oleh PPTQ Ibnu Abbas.